Shuffle! là dự án visual novel đầu tiên của Navel. Nhóm phát triển của Shuffle! chủ yếu là các thành viên đã từng tham gia vào thực hiện tác phẩm của Basil là Sore wa Maichiru Sakura no Youni. Kịch bản được viết bởi Ago Baria cũng là người viết kịch bản cho Sore wa Maichiru Sakura no Youni và Long Cube. Việc đạo diễn nghệ thuật và thiết kế nhân vật được phân cho hai người là Nishimata Aoi người từng đảm nhiệm vai trò minh họa cho Sore wa Maichiru Sakura no Youni và Suzuhira Hiro. Âm nhạc trong tác phẩm được soạn bởi Nachtmusik. Đoạn phim mở đầu được thực hiện bởi Iris Motion Graphics.

Phiên bản giới hạn phát hành vào ngày 30 tháng 1 năm 2004 có đính kèm với một artbook có chứa các hình vẽ ban đầu của các nhân vật do 12 họa sĩ khách mời cùng một vỏ hộp đặc biệt. Phiên bản bình thường phát hành vào ngày 27 tháng 2 năm 2004 với một DVD thay vì ba CD đính kèm với một xâu chìa khóa Shirotama & Kurotama. Phiên bản tiêu chuẩn phát hành vào ngày 17 tháng 12 năm 2004 với một DVD. Phiên bản kỷ niệm phát hành vào ngày 22 tháng 11 năm 2007 đính kèm với một thẻ điện thoại Sia và Kikyo. Phiên bản trên hệ PlayStation 2 có tên Shuffle! On the Stage phát hành với hai phiên bản vào ngày 20 tháng 10 năm 2005: phiên bản thông thường chỉ có trò chơi và phiên bản DX đính kèm hình của nhân vật Lisianthus, đĩa nhạc Shuffle! On the Stage Mix cùng bộ làm sạch cho điện thoại di động. Phiên bản cho hệ máy tính cá nhân của Shuffle! On the Stage có tên Shuffle! Essence+ phát hành vào ngày 31 tháng 10 năm 2009.

MangaGamer đã phát hành phiên bản tiếng Anh của visual novel vào ngày 15 tháng 8 năm 2009.